Chafer logró colocar su seminario en un lugar prominente en la escena religiosa norteamericana. De 1934 a 1952 editó la revista teológica Bibliotheca Sacra, en 1947 completó su mundialmente famosa Teología Sistemática en 8 volúmenes.

Calvinista sublasariano, moderado, en el sentido de explicar el plan o esquema de la elección mediante la presciencia infinita de Dios. El eje central de su teología fue la infinita gracia de Dios.